Uma das principais vantagens do Butantã é a sua localização privilegiada. O bairro possui diversas linhas de ônibus e linha amarela do metrô, que liga o Butantã ao centro de São Paulo. O trajeto passa por regiões importantes como a Avenida Paulista e a Faria Lima.
O bairro é cortado por importantes vias como a Avenida Corifeu de Azevedo Marques, a Avenida Francisco Morato e a Rodovia Raposo Tavares, que liga São Paulo a cidades do interior e do sul do país.